中國藏語系高級佛學院由已故十世班禪大師和中國佛教協會會長趙樸初先生倡議，經黨中央和國務院批準，于1987年9月1日在北京西黃寺創立，以專門培養藏傳佛教愛國愛教高級人才，是藏傳佛教的最高學府。十世班禪大師親任第一任院長，時任中國佛教協會會長的趙樸初先生為高級顧問。中國藏語系高級佛學院的創立，標志著藏傳佛教高級人才培養方式發生了根本性變革，從此掀開了藏傳佛教現代化教育的歷史新篇章。同時也充分體現了黨的宗教信仰自由政策的光輝和偉大，體現了黨和政府對藏傳佛教工作的重視與關懷。

高級佛學院創立伊始，就把維護祖國統一，加強民族團結，弘揚藏傳佛教，培養懂國家法律和政策、精通佛學的愛國愛教的高級宗教人才作為學院的辦院方向和辦院方針；并且提出了努力將學院辦成藏傳佛教教學和研究兩個高等中心的奮斗目標。建院25年來，學院始終不渝地遵循這一原則，始終堅持維護人民利益、維護法律尊嚴、維護民族團結、維護祖國統一的原則，培養了一批批擁護中國共產黨的領導、熱愛祖國、走社會主義道路、有較高宗教造詣的藏傳佛教骨干人才，壯大了藏傳佛教的愛國進步力量，為西藏和其他藏區的發展穩定發揮了積極作用。