佛學院設有教務處、學生處、學銜處、研究室、辦公室、總務處和人事處七個正處級職能部門，另設教材辦公室和西黃寺管理處兩個臨時機構。

　　1、教務處: 負責制定教學計劃；負責師資聘用管理和思想工作；負責教學評估、教學研究；負責編輯內部刊物《學習園地》雜志；負責學院相關的佛事活動及服務工作；負責學銜工作；負責藏傳佛教學銜工作指導委員會辦事機構的相關工作。

　　2、學生處：負責制定招生計劃，落實招生工作和組織招生調研；負責學員在校期間的學習、生活、活動等的組織與管理；負責學員檔案的建立與管理；負責學員的思想政治工作和掌握師生的思想動態。

    3、學銜處：負責學銜制度建設，學銜授予組織實施；負責藏傳佛教學銜工作指導委員會及評定委員會相關工作；負責藏傳佛教代表人士培訓并制定培訓計劃，負責培訓聯絡和組織實施工作等。

　　4、研究室：負責藏傳佛教傳統學經制度、僧人教育情況和各教派傳統寺院教育與現狀的調查研究，完善藏傳佛教學銜制度；承擔學院《教義闡釋園地》編印等相關工作；負責學院對外宣傳工作和圖書館建設與管理；負責學院網絡管理及電子設備維護服務。

    5、辦公室：負責全院行政事務；負責財務、安保、交通、機要、文秘、文書檔案管理、聯絡接待等工作；負責全院工作的組織協調；負責學院各類會議的組織工作。

　　6、人事處：負責人事管理工作，制訂全院的人事工作計劃；負責人員的錄用、調配、晉升、職稱評聘、任免程序的組織和相關手續的辦理，負責工資、福利核定，考勤管理，干部培訓，人事統計，人事檔案管理，社會保險等相關工作；兼黨務工作職責，承擔黨支部交辦的各項工作以及工青婦群工作；負責外事管理、外事政審及港澳臺等工作；負責離退休手續的辦理，離退休人員的管理等工作；負責思想政治教育、計劃生育、遺屬撫恤等工作。

    7、總務處：負責后勤管理及后勤保障（含物業及食堂管理）；固定資產管理；政府采購，包括學院所有耗材、辦公用品、禮品的采購；房屋管理及維修；文物及環境保護等工作；基本建設、安全生產等工作。

　　臨設機構職能：

　　1.教材辦：負責提出教材體系建設方案；擬定各班次教學大綱；研究編制教學科目課時安排，提出教材編寫方案；編寫教材。

　　2、西黃寺管理處：負責西黃寺的文物保護、宣教、展覽等。